小麦条锈病是一种高空远距离传播的毁灭性病害，严重影响小麦生产和粮食安全。病害大流行可造成小麦减产40%以上，甚至绝产，其有效防控是长期的国际难题。项目组从1991年起开展全国大协作，对中国小麦条锈病菌源基地综合治理技术体系进行了连续18年的科技攻关，取得重大创新与突破。2012年获国家科学技术进步奖一等奖。

（1）发现中国小麦条锈病存在秋季菌源和春季菌源两大菌源基地，查清了菌源基地的精确范围与关键作用，明确了病害源头与治理重点区域，研发出病害早期定量分子诊断和以菌源基地秋季菌源数量为基础的病害大区流行异地测报技术，预测预报吻合率100％。（2）系统揭示了基因突变、异核作用和遗传重组是条锈菌毒性变异的主要途径，病菌毒性小种的产生和发展是导致品种抗锈性“丧失”的关键，寄主抗病基因筛选是前提，生态环境胁迫是诱因。建立了品种抗锈性鉴定评价与病菌毒性变异监测的技术平台。（3）首次提出“重点治理越夏易变区、持续控制冬季繁殖区和全面预防春季流行区”的病害分区治理策略，创建了以生物多样性利用为核心，以生态抗灾、生物控害、化学减灾为目标的小麦条锈病菌源基地综合治理技术体系。

该成果在生产上大规模推广应用，防病保产效果极其显著。2009-2011年在全国8省（市、区）累计推广应用23067.2万亩，有效控制了条锈病的暴发流行，增收节支93.32亿元，为国家粮食生产9连增做出了重大贡献。同时，丰富和发展了《植物病害分子流行学》和《植物生态病理学》理论、技术和方法，为国家小麦条锈病的防控决策提供了重要科学依据和技术支撑，作为“公共植保、绿色植保”的典型范例，为研究其他气传病害提供了借鉴和参考。总体研究处于国际领先地位，经济、社会和生态效益巨大。