课题组发展了国际先进的奶牛基因组扫描、精细定位和单倍型推断统计分析方法；精细定位了6号和3号染色体上的影响中国荷斯坦牛产奶性状、体细胞评分、泌乳持续力和着色性状QTLs共32个；发现了DGAT1和GHR等一批可用于中国荷斯坦牛产奶量和乳蛋白量性状遗传改良的分子标记，并开发了相应的优势等位基因检测试剂盒；构建了中国荷斯坦牛CVM、BLAD、CN、DUMPS四种遗传疾病分子诊断试剂盒和微卫星亲子鉴定技术体系；将开发的DGAT1、GHR优势基因检测、CVM、BLAD、CN、DUMPS四种遗传疾病和亲子鉴定分子检测技术在我国31个公牛站推广应用。

通过对种公牛进行主效基因优势等位基因检测及选择，可提高后代产奶量和改善乳成分；检测遗传疾病隐性有害基因，可通过科学的选种选配减少母牛早期流产和犊牛死亡；亲子鉴定体系可提高公牛遗传评定可靠性；大力推动了中国荷斯坦种公牛自主培育和群体遗传改良，经济效益和社会效益显著。